भंडारण में अनाज की हानि देर से कटाई, खराब भंडारण संरचनाओं, जैविक और अजैविक कारकों के कारण होती है। जैविक कारक सूक्ष्मजीव, कीड़े, कृंतक या पक्षी हैं जबकि अजैविक कारक तापमान, नमी आदि हैं। इसलिए अनाज के शेल्फ जीवन को बढ़ाने के लिए फसल के बाद अच्छा प्रबंधन आवश्यक है।
भंडारण के दौरान अनाज की गुणवत्ता बनाए रखने के लिए इष्टतम समय पर अनाज फसलों की कटाई आवश्यक है। यदि अनाज की कटाई परिपक्वता अवधि से पहले की जाती है, तो अनाज में नमी की मात्रा अधिक होने के कारण अनाज में एंजाइमेटिक गतिविधि सक्रिय रहती है, जिससे भंडारण के दौरान अनाज तेजी से खराब हो जाता है।
इसके अलावा, इष्टतम समय पर अनाज की कटाई के बाद, सर्वोत्तम परिणामों के लिए 10-15% नमी की मात्रा तक अनाज की गहाई, सफाई और सुखाने का अभ्यास किया जाना चाहिए। भंडारण से पहले सुखाना चाहिए। अनाज को सुखाने की सबसे आम प्रक्रिया धूप में सुखाना है।
एक बार जब अनाज वांछित नमी की मात्रा तक सूख जाए, तो खराब होने के लक्षण और नमी की मात्रा के लिए उनकी दोबारा जांच की जानी चाहिए। इसके बाद अनाज को छोटे कीड़ों से बचाने के लिए अनुमेय कीटनाशकों से उपचारित किया जाना चाहिए और खराब होने से बचाने के लिए कृंतक-रोधी भंडारण कंटेनरों में संग्रहित किया जाना चाहिए।